1980년대 말에서 1990년대에 이르면서 탈냉전, 동유럽권의 변화, 한·소 수교 등 국제 정세의 변화에 따라 남북 관계도 보다 진전되어, 분단 이후 처음으로 남북 고위급 회담이 서울과 평양을 오가며 8차에 걸쳐 진행되었다. 그 이후 남북은 유엔에 동시 가입하였고, 남북 기본 합의서를 채택하였다. 1994년 김영삼 대통령과 북한 양측이 남북 정상 회담에 대한 의지를 보여 정상 회담을 갖기로 합의를 보았다. 그러나 7월 8일 김일성 주석이 갑자기 사망함으로써 정상 회담은 무산되었고, 남북 관계는 또다시 경색되었다.

1998년 김대중 정부가 출범하면서 ‘햇볕 정책’이라 불리는 대북 화해·협력 정책을 적극 추진하면서 남북 관계는 새로운 국면이 조성되었다. 6월 16일 현대 그룹의 정주영 명예회장은 500마리의 소를 이끌고 판문점을 넘어 북한을 방문하였다. 이는 금강산 관광 사업의 계기가 되었고, 그해 10월 해로를 통해 금강산 관광 사업이 시작되었다. 이후 대북 관계가 개선되었고, 남과 북은 비밀리에 특사를 주고받은 뒤, 남북 정상 회담 개최를 발표하였다.

△김대중 대통령 남북 정상 회담(2000. 6. 13.)

2000년 6월 13~15일 평양에서 전 세계의 이목이 집중된 가운데 열린 역사적인 남북 정상 회담이 이루어졌다. 김 대통령은 6월 13일 오전 평양 순안 공항에 도착했는데, 공항에는 사전 예고 없이 김정일 국방위원장이 직접 환영 나와 세계를 놀라게 하였다. 이날 환영 행사에 참여한 인파는 60만 명으로 남북 정상 회담에 거는 북한의 기대를 짐작하게 하였고, 김 위원장은 김 대통령의 승용차에 함께 타고 백화원 영빈관까지 가는 동안 약 50분간 ‘차중 회담’을 하여 눈길을 끌었다.

김대중 대통령과 김정일 국방 위원장은 향후 남북 관계의 초석이 될 6·15 남북 공동 선언을 발표해 큰 반향을 불러일으켰다. 6·15 남북 공동 선언은 통일 문제의 자주적 해결, 1국가 2체제의 통일 방안 협의, 이산가족 문제의 조속한 해결, 경제 협력 등의 내용을 담고 있다. 6·15 남북 공동 선언 이후 남북 장관급 회담, 군사 회담, 경제 회담뿐만 아니라 남북 간의 이산가족 상봉과 이산가족 서신 교환 등이 이루어졌다. 그리고 경의선 복구 사업, 개성 공단 건설 등과 같은 남북한 경제 협력도 추진되었고, 민간 차원의 교류와 협력 사업도 크게 활성화되어 문화, 예술, 언론 등 여러 분야에 걸친 교류가 진행되었다.

2003년 출범한 노무현 정부도 김대중 정부의 햇볕 정책을 계승하여 대북 지원 사업을 지속적으로 전개하였다. 2007년 10월에는 평양에서 제2차 남북 정상 회담이 다시 개최되었다. 그러나 이후 북한의 미사일 발사와 핵 실험 등으로 남북 관계는 어려움을 겪고 있다.