일본은 임오군란 때 구식 군인들과 하층민들에 의해 공사관이 습격당하였고, 별기군 교관 호리모토 등 여러 명이 살해되는 피해를 입었다. 일본은 조선에서 청의 정치적 영향력이 커지자, 청을 견제하면서 다시 조선에 침투하려는 정책을 세웠다. 일본은 즉각 군함 4척과 보병 1개 대대를 제물포에 상륙시켰고, 임오군란 때 일본으로 쫓겨 갔던 하나부사 공사를 조선에 파견하여 조선에 대해 피해 보상과 거류민 보호를 내세워 협상을 요구하였다.

조선 정부는 봉조하, 이유원을 전권대신으로, 공조 참판 김홍집을 부관으로 임명하여 제물포에서 일본과 회담하도록 하였다. 회담은 일본 군함에서 삼엄한 분위기하에 진행되었다. 이에 교섭 3일 만에 일부만이 수정된 채로 일본 측 요구안이 타결되었고, 6개 조항의 제물포 조약과 2개 조항의 수호 조규 속약을 체결하였다.

흉도의 폭거로 인해 일본이 입은 손해 배상 및 공사를 호위한 육·해군 군비 중에서 50만 원을 조선이 부담하며, 매년 10만원씩 지불해 5년에 완납, 청산할 것. 

제물포 조약의 내용

제1조   지금으로부터 20일을 기해 조선은 흉도를 포획하고 수괴를 가려내 중벌로 다스릴 것.

제2조   일본국 피해자를 후한 사례로 장사 지낼 것.
제3조   조선은 5만 원을 지불하여 피해자 유족 및 부상자에게 지급할 것. 

제4조   흉도의 폭거로 인해 일본이 입은 손해 배상 및 공사를 호위한 육·해군 군비 중에서 50만 원을 조선이 부담            하며, 매년 10만원씩 지불해 5년에 완납, 청산할 것. 
제5조   일본 공사관에 군대를 주둔시켜 경비에 임하는 것을 허용할 것.
제6조   조선은 대관을 특파하여 일본일본 공사관에국서를 보내어 일본에 사죄할 것.

 △제물포 조약 원본

제1조에서 흉도의 체포를 20일로 기한을 정하고, 만약 그 기일 내에 체포하지 못할 때에는 일본 측이 마음대로 처리하겠다고 한 것은 처음부터 조선의 치안 주권을 무시한 것이다. 제3조에서 그들의 군사비까지 배상으로 요구하고 있는 것은 제국주의적 탐욕을 드러내는 것이다. 제5조에서 공사관 경비를 위해 약간의 병력을 한성에 주둔시킨다고 하면서도 실제로는 1개 대대의 대병력을 주둔시켰으며, 병력 주둔에 필요한 병영의 기본 시설과 수선비, 유지비까지도 조선에 부담시켰다. 

이 조약이 체결되자 조선은 군란 주모자를 처벌하고, 배상금 55만원 중 15만원을 지불하는 동시에 박영효, 김옥균, 김만식 등을 일본에 사절로 파견하였다.